벤처 펀드에 사상 최대 자금이 몰리고 있는 가운데 벤처캐피탈사의 해묵은 세금 논란도 해소돼 업계가 겹경사를 맞게 됐다. 기획재정부가 파트너들로 구성된 유한회사(LLC)형 벤처캐피탈의 운영 보수에 부과세 면제를 확정한 것이다. 이는 모태펀드를 운용하는 공기업인 한국벤처투자에도 적용된다.
18일 벤처투자 업계에 따르면, 기획재정부가 최근 벤처투자조합 자산관리·운용 용역에 대한 부가가치세 면제 대상을 확대하는 내용을 담은 '부가가치세법 시행령' 일부 개정안을 입법예고했다.
이번 부가세법 시행령 개정안에는 기존 창투사(주식회사형 벤처캐피탈)만 포함돼 있던 벤처투자조합 관리보수 부가세 면제 대상이 유한회사(LLC)와 창업기획자, 신기술사업금융업자까지 확대됐다. 창업기획자와 신기술금융사와 달리 주로 벤처투자조합을 운용해 온 LLC형 벤처캐피탈들이 가장 큰 수혜를 입을 것으로 기대된다.
이번 개정안이 시행되면 향후 LLC형 벤처캐피탈은 창업투자회사와 동일하게 관리 보수에 대한 부가세를 면제받게 된다. 해당 개정안은 오는 20일까지 입법예고된 후 국무회의 의결을 거쳐 내달 중순쯤 공포·시행될 예정이다.
LLC형 벤처캐피탈의 경우 일반 창투사와 달리 기존 부가세법 면제 대상에 포함돼 있지 않았지만 형평성 차원에서 세금을 납부하지는 않았다. LLC형 벤처캐피탈도 창투사와 같은 사업을 하고 있는 만큼 관행적인 면제 대상으로 세무당국이 파악했지만 해당 업체 경영진들은 세금 부담을 늘 생각해야 하는 불안정한 처지였다. 업계의 한 관계자는 “LLC형 벤처캐피탈이 증가하는 상황에서 부가세 면제 조치로 벤처펀드 조성에 한층 수월하게 나설 수 있게 됐다”고 반겼다.
이번 부가세 면제 개정안은 모태펀드 운용기관인 한국벤처투자에도 적용돼 벤처 펀드 결성에도 한 층 힘이 더해지게 됐다. 지난해 벤처펀드 조성 금액은 9조 2,171억 원으로 전년보다 34% 증가하며 사상 최대를 기록했는데 모태펀드 비중은 17.3%를 차지했다.
다만 개정안 시행 이전의 부가세에 대한 처리 여부는 아직 확정되지 않아 일부 논란은 남아 있다. 부가세 면제 소급 적용이 이뤄지지 않을 경우 일부 오래된 LLC형 벤처캐피탈의 경우 수십억 원에서 많게는 수백억 원의 세금을 납부해야할 수도 있다.
한국벤처캐피탈협회는 최근 세무 전문가로 구성한 자문위원단을 꾸리고 소급 적용을 이끌어 내기 위한 대응책 마련에 나선 상태다. 기재부 관계자는 이와관련해 "통상적으로 부가가치세 면제 같은 경우 소급 적용될 가능성은 매우 낮다"면서 "소급 적용을 하려면 기존에 냈던 부가세를 다시 돌려줘야 하는데 이런 경우는 거의 없다"고 설명했다. 기재부는 국세청 등과 협의해 업계 부담을 최소화해 나갈 방침이다.
