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기업들이 설비투자나 고용 확대로 받은 법인세 세액공제액 가운데 농어촌특별세로 나간 금액이 코로나19 이후 최근 3년간 2조 원을 웃도는 것으로 나타났다. 업체 입장에서는 농특세 규모만큼 정부로부터 받은 세액공제 혜택이 줄어들어 실제로는 기업이 농특세를 부담하는 구조다. 이대로라면 기업의 투자 촉진 효과가 반감돼 내수 회복 시점이 더 늦어질 수밖에 없다는 지적이 나온다.
15일 국회 기획재정위원회 소속 천하람 개혁신당 의원이 국세청으로부터 제출받은 자료에 따르면 지난해 법인세를 신고한 기업들이 조세특례제한법에 따라 감면받은 법인세액 중 농특세로 신고한 액수가 8251억 원으로 집계됐다. 코로나19 전인 2019년 3644억 원이었던 농특세 신고액은 △2020년 3420억 원 △2021년 5642억 원 △2022년 7803억 원 등으로 증가세를 보이고 있다. 지난해 신고액은 3년 전인 2020년과 비교하면 2.4배나 많다.
현행 세법은 조특법에 따라 조세 감면을 받는 경우 감면 세액의 20%를 농특세로 납부하도록 돼 있다. 영농조합법인 같은 예외적인 사례를 제외하면 대부분의 조세 감면액 중 20%는 농특세로 내야 한다.
상황이 이렇다 보니 재계에서는 첨단산업에 대한 실질적 혜택이 부족하다는 목소리가 나온다. 재계의 한 고위 관계자는 “공제액의 일부를 농특세로 납부해야 돼 법령상 공제율에 비해 세액공제 효과가 줄어들 수밖에 없다”고 말했다.
특히 반도체·2차전지 같은 국가전략기술에 적용되는 시설투자세액공제율은 15%(대기업 기준)인데 이 중 20%를 농특세로 내면 실질적인 공제율은 12%로 떨어진다. 홍기용 인천대 경영학과 교수는 “법인세 혜택을 줬다가 농특세 명목으로 일부를 다시 뺏어가는 꼴”이라며 “첨단산업 설비투자분에 제공하는 감세 혜택에 대해서는 농특세 면제를 검토할 필요가 있다”고 밝혔다.
