법리 문제의 핵심은 이중과세, 경영권 침해 등이다. 임주영 서울시립대 세무학과 교수는 기업소득환류세제에 대해 "같은 기간에 기업이 벌어들인 동일한 세원에 두 번 이상 과세하는 것이어서 명백한 이중과세"라고 지적했다. 실제로 기업소득환류세제는 기업이 이미 한 해 벌어들인 경상이익에서 법인세를 내고 남은 당기순이익에 대해 다시 법인세를 부과하는 과세 방식이다. 물론 이중과세 논란에도 불구하고 국가가 특별한 목적으로 시행하는 조세제도가 없지는 않지만 이런 세금들은 위헌 논란으로 중도 폐기되는 등 적지 않은 사회적 진통을 초래했다. 그 대표적인 사례가 양도세와의 이중과세 논란 속에 지난 1998년 폐지된 토지초과이득세다.
경영권 침해 역시 만만치 않은 사안이다. 기업이 벌어들인 수익으로 투자를 할지, 유보할지는 같은 업종이라도 각 회사의 사정마다 천차만별인데 이것을 어떻게 정부가 일괄적으로 정해 함부로 세금을 매길 수 있느냐는 것이다. 이 같은 지적에 대해 기획재정부의 한 고위관계자는 "기업소득환류세제의 과세 공식을 여러 가지로 만들어 기업이 자사 사정에 맞게 고를 수 있도록 선택권을 주는 방안을 검토하고 있다"고 전했다. 다만 해당 공식에는 업종이나 기업규모 등의 차이가 반영되지는 않을 것이라는 게 또 다른 기재부 관계자의 설명이어서 기업 경영권 침해를 어느 정도나 막을 수 있을지는 미지수다.
경제적 부작용에 관한 쟁점으로는 주로 국부유출 촉발 가능성, 투자심리 위축, 기업 고비용 구조 고착화 등이 꼽힌다. 특히 국부유출 가능성이 문제시된다. 국내 기업의 본사나 해외 기업의 국내 법인이 법인세 추가 과세를 피하기 위해 각각 해외 자회사나 본사로 수익을 이전시켜 국내 법인은 깡통화시키는 것이다. 이렇게 되면 법인세는 외국이 걷게 되니 국내 세수는 줄고 국내 주주들 역시 배당 기회를 잃게 된다. 한 외국계 기업 관계자는 "솔직히 마음만 먹으면 (해외) 본사에 브랜드 수수료, 경영 수수료 등의 명목으로 한국에서 벌어들인 이익을 넘기고 해당 금액을 국내 법인에서는 비용처리해 회계상 수익을 줄일 수 있다"고 전했다.
기업의 고비용 구조 고착화 우려도 심각하게 고려해야 할 부분이다. 한 자동차 업체 간부는 "지금 주력 제조업은 과도한 고임금 구조로 인해 중국 등에 가격경쟁력이 밀리고 있고 철강 산업 등 일부 업종은 오히려 공급과잉이어서 세계적으로 구조조정을 해야 할 상황"이라며 "이런 상황에서 무리하게 국내에서 인건비·투자비를 늘리라는 것은 토종 산업을 공멸의 길로 몰아가는 것"이라고 고언했다.
