한농연의 5대지표는 전문농업경영인 육성 화합·단결하는 조직 농정개혁과 농권실현 통일농업시대의 개척 세계속의 농업경영인이다.전국에 10만여 회원이 있는 한농연은 회원의 약 70%가 30대로 그동안 우루과이라운드(UR) 쌀수입개방운동등 농촌권익보호를 위한 활발한 활동과 함께 각종 조직사업, 정책사업, 교육사업, 유통사업등을 수행해 왔다. 특히 농업인들의 정치적 권익 향상을 위해 기초자치단체 의회 진출도 시도해 현재 광역의원 18명, 기초의원 182명을 배출했다.
조직사업으로는 한농연 품목위원회등 품목별 전문생산자조직 활동을 통한 우리농업의 새로운 방향 모색과 함께 협동조합협의회, 지방의원협의회등 각종 조직활동을 전개하고 있다. 교육·정책사업으로는 한국농어민신문 발간, 품목별 전문화 교육 및 연수등을, 유통사업으로는 전국 170여개 농축수산물직판장을 운영하면서 매년 전국 으뜸농산물전시회를 개최하고 있다.
당초 관변 단체로 출범한 한농연은 UR반대 운동을 거치면서 정부에 비판적인 단체로 탈바꿈 한뒤 국민의 정부 출범 이후로는 사안별로 정부에 비판적 지지입장을 보이고 있다.