황 박사는 서울대 교수 재직 당시 자신이 수립한 '1번 줄기세포'의 등록을 위한 신청서를 제출했다. 하지만 등록심사를 마치기도 전에 이른바 논문 조작사건이 터졌고 황 박사의 연구는 송두리째 의심을 받게 됐다.
이에 질병관리본부는 '단성생식배아(인간의 난자가 수정 과정 없이 세포분열해 생성된 배아)로부터 유래했을 가능성이 높아 생명윤리법상 등록 대상이 아니다'라며 황 박사의 등록신청을 거부했고 황 박사는 소송을 냈다.
단성생식은 수정이라는 과정을 거치지 않는 만큼 이론상 인간 복제가 가능한 것으로 여겨지고 있고 이 때문에 지난 2004년 생명윤리법 제정 당시에는 단성생식 연구를 인정하지 않았다.
재판 과정에서 황 박사 측은 자신의 줄기세포주가 체세포 복제 배아줄기세포주라고 주장하며 '단성생식론은 근거가 없다'고 주장했다. 아울러 설령 단성생식배아 줄기세포주라 하더라도 개정 생명윤리법에 따라 법 시행 이전 수립된 줄기세포주는 등록 대상이라고 맞서왔다.
1·2심은 "개정 생명윤리법에 따르면 법 시행일 이전에 만들어진 줄기세포주는 과학적 요건만을 갖추면 등록요건이 충족된다"며 "난자 수급에서의 비윤리적 행위가 있었다는 사유를 들어 거부처분을 한 것은 위법하다"며 황 박사의 손을 들어줬다.