정부는 이날 군사회담을 개최하면서 관련된 모든 사실을 철저히 비공개에 부쳐 빈축을 샀다.
국방부와 통일부 등 유관부처 관계자들은 이날 회담과 관련해 사전협의 단계는 물론 오전10시 회담이 열린 후에도 정확한 사실을 밝히지 않았다. 심지어 박지원 새정치민주연합 의원이 회담 시간과 장소까지 공개한 후에도 "현재로서는 확인해줄 수 없다"는 입장만 되풀이했다. 북측이 이번 회담의 비공개를 요구했기 때문이라는 관측이 제기됐지만 박근혜 대통령이 남북관계의 투명성을 강조해왔고 지난 2월 1차 남북 고위급 접촉 당시에는 공개로 진행됐다는 점에서 정부의 대북정책에 일관성이 결여됐다는 비판이 나오고 있다.
이에 대해 박수진 통일부 부대변인은 이날 정례브리핑에서 "정부는 남북 대화를 원칙에 입각해서 투명하게 진행한다는 입장에 변함이 없다"면서도 "남북관계는 상대방이 있는 문제라는 점을 감안해주기 바란다"고 말했다.