중동호흡기증후군(MERS·메르스) 유행이 절정에 달했던 지난 6월 방역 총괄 지휘자가 불명확해 발생했던 혼선을 되풀이하지 않기 위한 조치다. 방역에 관한 한 처음부터 끝까지 질본이 책임을 지고 권한을 행사하고 총리실과 복지부·국민안전처는 지원 역할을 수행한다.
메르스 환자를 뒤늦게 파악하고 관리망을 협소하게 설정해 사태를 걷잡을 수 없이 키운 메르스 초기대응과 같은 실패를 방지하기 위해 24시간 긴급상황실(EOC)를 설치하기로 했다. 긴급상황실은 의심환자 발생시 질본 방역관을 팀장으로 하는 '즉각대응팀'을 구성, 현장에 급파하기로 했다. 또 현재 단 2명뿐인 질본의 정규직 역학조사관 수를 64명으로 대폭 확충하기로 했다.
정부는 아울러 부족한 음압격리병상을 확충하기 위해 감염병 전문치료병원을 지정하고 운영비 등을 지원하기로 했다. 또 상급 종합병원은 전체 병상의 1% 이상, 300병상 이상 종합병원의 경우 일정 수의 음압격리병실 설치를 의무화하기로 했다.