민자도로의 경우 비난 여론이 특히 심했던 2010년을 제외하고는 거의 매년 통행료가 인상됐다. 현재 민자도로 통행료는 같은 거리의 도로공사 통행료에 비해 최대 3배 가량 비싼 수준까지 왔다.
민자도로들이 요금을 올릴 수 있는 것은 정부와 맺은 실시협약에 포함돼 있는 통행료 인상 규정 때문이다.
박흥수 연구 위원은 "정부의 물가억제 정책에 의해 통행료를 수시로 올리기 힘든 국도와 달리 민자도로는 물가 상승률에 연동해서 수입을 보전할 수 있도록 돼 있다"면서 "하지만 실질적으로 도로에 들어가는 비용 구조는 전체 일반물가상승률과 다를 수 있음에도 물가가 올랐기 때문에 무조건 통행료를 인상해야 한다는 민자사업자들의 주장은 어불성설"이라고 꼬집었다.
국회 국토해양위의 문병호 민주통합당 의원은 "매년 민자고속도로의 통행료가 인상되는 것이 제도처럼 굳어지게 될 전망"이라며 "검증 시스템 마련 등의 불합리한 요금 체계 개선 방안 마련이 절실하다"고 지적했다.
하지만 낮은 건설 보조금, 한정된 투자 회수 기간, 높은 조달금리 등의 민자도로 특성과 원가의 82% 수준밖에 안 되는 국도 통행료의 현실을 감안하면 일정한 통행료 격차는 불가피하다는 것이 정부의 설명이다.
실제로 도공의 경우 전체 건설비의 50%를 보조금으로 받지만 민자는 7.7% 정도에 불과하며 투자회수 기간 역시 민자가 30년인데 반해 도공은 제한이 없다.
국토부 관계자는 "차입금리 인하 등의 자금 재조달은 MRG 축소 조정뿐 아니라 통행료 인하에도 기여할 수 있다"며 "대구~부산 구간과 서울외곽고속도로의 경우도 이 방식을 통해 각각 847원, 1,100원의 통행료를 인하했으며 나머지 구간도 협상을 통해 인하를 추진할 계획"이라고 말했다.