그러나 여기에는 심각한 문제가 있다. 우선 예산이 달린다. 최소한 8조3,000억원, 더욱이 추가 구매나 유지보수에 얼마나 더 예산이 들어갈지 가늠하기도 어려운 차기 전투기 사업예산을 F-35A 단일기종 구매에 지출하는 것은 위험하다. 군은 이 예산으로 40대를 구매할 수 있다고 생각하지만 불확실성이 널려 있다.
개발이 완료될 때까지 얼마나 더 비용이 들어갈지도 모르고 구매를 포기하는 나라가 많아 대당 생산단가가 더 오를 수도 있다. 지금도 구매하는 나라에 따라 일본은 대당 2억4,000만달러, 노르웨이는 2억달러 등으로 가격이 천차만별이다. 만약 우리가 싸게 들여온다면 AH-64E 아파치 공격헬기 도입과 비슷하게 주요 예비부품을 빼고 도입할 가능성이 크다. 시간이 지날수록 돈을 잡아먹는 애물단지로 전락할 수 있다는 얘기다.
더욱이 기체 성능이 예상만큼 나오지 않고 도입을 포기하는 국가가 속출하는 판이다. 공군 내부에서 제기된 혼합구매를 일축하고 굳이 위험을 감수하려는 합참의 태도를 선뜻 수긍하기 어렵다. 다른 후보기종들과 달리 절충교역액도 적고 핵심 기술 이전은 더더욱 기대할 수 없다는 점도 치명적이다. 국내 기술이전 효과와 항공산업 발전은 물론 국산 차기 전투기(KFX) 사업도 지장을 받을 수 있다.
F-35A는 미국에서도 논란을 야기하는 기종이다. 성능을 자신할 수 없어 F-35A를 포기하고 항공모함 탑재형인 F-35C만 개발하자는 주장까지 나올 정도다. 만약 미국 정부가 생산량을 보장한 초도저율 생산이 끝나는 2017년까지 성능이 안 나오면 한국은 어떻게 해야 하는가. 무한정 기다려야 하나. 이런 경우 안보공백은 누가 책임져야 할까. 그래도 F-35A 도입을 강행하려면 두 가지가 필요하다. 하나는 국민의 동의를 폭넓게 구하는 것이요, 다른 하나는 훗날 문제가 생겼을 때 책임을 지겠다는 각오다.