전교조 측은 법외노조 통보 처분의 근거가 된 교원노조법 2조가 헌법상의 단결권을 침해하는 것은 물론 다른 노조와의 평등원칙에도 반한다고 주장했다. 다른 노동조합에는 해고된 근로자도 자유롭게 가입할 수 있는데 교원노조법만 유독 해직된 교원은 가입할 수 없다고 규정하고 있는 것은 합리적이지 않다는 것이다.
그러나 재판부는 "교원은 학교교육의 수행자로서 학생이 사회의 건전한 인격체로 자라날 수 있도록 가르치는 사람이므로 일반적인 근로자에 비해 윤리성·자주성·중립성·공공성과 전문성이 특히 강조된다"며 "교원이 제공하는 근로의 수혜자는 학생인 점을 볼 때 교원에 대해서는 헌법상 단결권을 좀 더 특별히 규율할 수 있다"고 판시했다. 이어 "교원 노동조합의 자주성과 독립성이 훼손되면 학교교육은 파행을 겪을 수밖에 없어 학생들이 피해를 입게 되며 더 나아가서는 교육제도까지 훼손돼 국민 전체가 큰 손해를 받을 수 있다"며 "교원노조법 2조로 제한되는 교원 또는 노동조합의 단결권 등에 비해 이로 인해 달성되는 학생들의 권리 보장이나 교육제도의 유지 등에 대한 공익이 더 크다고 인정된다"고 덧붙였다.
정부가 법률의 위임을 받지 않은 노조법 시행령에 근거해 법외노조 통보를 했다는 전교조 측의 주장도 기각됐다. 노조법 시행령 9조 2항은 고용부로부터 규약 시정명령을 받은 후 정해진 기간 안에 응하지 않으면 법외노조 통보를 하도록 하고 있다. 재판부는 "노조법 시행령은 '근로자가 아닌 자의 노조 가입을 허용하면 노조로 보지 않는다'는 노조법 2조의 법적 효과를 명확히 하고 이 사유에 의해 법외노조가 될 가능성이 있는 노조에 시정의 기회를 제공하기 위한 것으로 해석된다"며 "법률의 위임을 받지 않았다고 볼 수 없다"고 판단했다.
아울러 "조합원 6만명 가운데 해직 교원은 9명에 불과한 점으로 볼 때 이 처분이 지나치게 가혹하다"는 전교조의 주장에 대해서도 "전교조는 지난 1999년 노조 설립신고 당시 이 사건에서 논란이 된 '해고자 가입 허용' 조항이 포함되지 않은 허위규약을 제출했으며 2010년 이와 관련한 시정명령 취소소송이 패소, 확정된 후에도 고치지 않았다"며 기각했다.
고용노동부는 이날 법원의 판결에 대해 즉각 환영의 입장을 나타냈다. 송문현 고용부 공공노사정책관은 "공무원과 교원노조의 조합원 범위는 현직 공무원과 교원으로 한정한다는 점을 재확인했다는 점에서 의의가 있다"고 말했다.
이번 판결로 지난해 11월 전교조의 집행정지 가처분신청이 받아들여져 중단됐던 정부의 법상 노조 아님 통보 후속조치는 다시 진행되게 된다. 실제 교육부는 선고 직후 즉시 각 교육청에 전교조에 지원한 사무실지원금을 반환하고 사무실을 퇴거하도록 명령했다. 보조금을 교부한 경우 1개월 이내에 보조금을 회수하도록 했으며 전교조 노조전임자 78명에 대해 다음달 3일까지 복직할 것을 명했다. 전교조와 진행 중인 단체교섭과 행사지원금 지원 등도 모두 중지하며 현재 체결된 단체협약도 즉시 해지 통보하도록 했다.
이에 전교조 측은 즉각 1심 판결에 대한 항소와 법외노조 효력정지 가처분신청 등의 법률적 대응에 나서겠다고 밝혔다. 또 교원노조법 개정 투쟁과 노조법 2조에 대한 개정 요구 투쟁도 함께 진행하겠다고 밝혔다.
김정훈 전교조 위원장은 "관련 법들은 헌법소원을 제기해 헌법재판소에서 논의를 진행 중인 만큼 1심 재판부에서 위헌 여부를 판단하는 것은 이르다"며 "우리나라 민주주의의 상징인 전교조를 오늘 법외노조로 내몰았다"고 법원을 강하게 비판했다.
