여수신항은 그동안 연간 4만척 이상이 입출항하는 광양항을 지원하는 관공선 및 역무선 전용항만으로 이용돼왔다. 하지만 여수세계박람회 개최장소로 확정되면서 이곳을 이용하는 선박은 다른 항만을 이용하고 있다.
현재의 여수신항은 박람회가 끝난 후 관광레저 중심 항만으로 육성될 예정이어서 164척에 달하는 관공선과 역무선의 재수용이 어려운 실정이다.
신규 여수신항 2단계 항만은 총 3,400억원이 투자돼 기존 여수신항 북측 인접 지역에 건설되며 여수세계박람회가 끝난 뒤인 오는 2012년 말 착공된다.
국토부는 관계기관과의 협의 등을 거쳐 구체적인 2단계 개발계획을 마련할 계획이다.