이재경 더불어민주당 대변인은 18일 서면 논평을 통해 “과학기술계, 중소·벤처기업 등의 현실을 전혀 고려하지 않은 정책을 내놓은 것은 유감스럽다”며 “당장 우수 연구인력이 해외로 유출되고 이공계 연구인력 양성에 지장을 초래할 것이라는 우려가 나오고 있다”고 지적했다. 이어 “중소·벤처기업의 만성적 인력 부족 문제를 더욱 심화시킬 것”이라며 “절박한 생존 기로에 놓인 적지 않은 중소기업에 정부가 큰 시련을 주는 셈”이라고 비판했다. 과학자 출신인 신용현 국민의당 당선자도 성명을 내고 “몇 명의 인원을 병사로 더 보내는 것보다 이공계 우수 인력을 키우고 이들의 능력을 활용하는 것이 국방에도 더 도움이 된다”고 지적했다.
새누리당에서도 비판의 목소리가 뒤따랐다. 이공계 출신인 새누리당 서상기 의원과 송희경 당선자는 국회에서 기자회견을 열고 “국방부에서 추진하는 이공계 대체복무 폐지 계획은 과학기술 발전 역사의 시계를 거꾸로 돌리는 일”이라며 “이공계 대체복무가 폐지되면 수천억원의 국민 혈세가 투입된 연구들이 수포로 돌아갈 수 있고 인력난에 허덕이는 중소기업의 인력 부족은 더욱 심화할 것”이라고 밝혔다.
