대법원 3부(주심 박병대 대법관)는 서울시 농수산식품공사가 송파세무서장을 상대로 낸 ‘부가가치세 경정거부처분 취소’ 상고심에서 원심을 파기하고 사건을 서울고등법원으로 돌려보냈다고 15일 밝혔다.
재판부는 “원고는 1단계 사업이 진행되는 중에도 기존 사업을 계속했고 이 사건 사업은 가락시장 사업장 내의 시설을 현대화하는 등 기존 사업의 영업 여건을 개선하기 위해 추진된 것뿐”이라며 “그럼에도 원심은 1단계 사업만을 기준으로 이 사건 매입세액이 안분돼야 한다고 잘못 판단했다”고 지적했다.
이어 “건물을 신축 또는 취득해 과세사업과 면세사업에 제공한 경우에 그 예정면적을 구분할 수 있을 때는 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율에 따라 안분해야 한다”고 설명했다.
1·2심에서는 “사업인가 당시 2·3단계 예정건축면적이 상이한 점을 고려하면 2단계 사업 실시계획도 인가받지 못한 상태에서는 각 단계별 예정사용면적이 확정돼 있다고 할 수 없어 정확한 면적을 산정할 수 없다”며 원고의 손을 들어줬다.