문제는 세액공제 축소가 기업투자 감소로 이어져 결국 정부가 의욕적으로 추진하는 일자리 창출에도 부정적인 결과를 초래한다는 점이다. 실제로 한국산업기술진흥협회가 연구소를 보유한 기업 683곳을 대상으로 설문조사를 한 결과 R&D 세액공제가 축소될 경우 투자 규모를 줄이겠다는 응답이 57.8%에 달했고 현재의 투자 수준을 유지하겠다는 응답은 29.9%에 불과했다. 특히 삼성전자와 현대자동차 등 R&D와 시설투자 규모가 큰 대기업들은 감면 축소에 직접적인 영향을 받을 수밖에 없다. R&D 세액공제를 1조원 정도 줄이면 일자리 1만3,000개가 감소한다는 민간 연구 결과도 나와 있다.
세계는 지금 인공지능(AI)과 바이오 등 4차 산업혁명의 주도권을 잡는 데 사활을 걸고 있다. 4차 산업혁명에 성공적으로 대응하기 위해서는 R&D 투자 확대가 필수적이다. 이 때문에 미국 등 주요 선진국들은 세액공제를 대폭 확대하고 있다. 미국은 최근 R&D 세액공제율을 20%로 높여 이를 영구화했고 일본도 2015년 세액공제를 확대했다. 이런 상태에서 정부가 단순히 공약 실천을 위한 세수를 확보하자고 R&D 세액공제를 축소하는 것은 얻는 것보다 잃는 것이 더 많을 가능성이 높다. 이는 문재인 정부가 심혈을 기울이고 있는 소득주도 성장의 핵심 과제인 일자리 창출에도 부정적인 영향을 준다. 정부는 우리 경쟁국들이 R&D 세액공제 확대를 통해 기업 투자를 유도하는 이유가 무엇인지 곰곰이 되새겨봐야 할 것이다.