박정하 청와대 대변인은 "김 기획관이 한일 협정 논란과 관련해 스스로 책임지기 위해 사의를 표했다"면서 "스스로 결단한 것으로 알고 있다"고 밝혔다. 후속 문책에 대한 질문에 박 대변인은 "절차상 문제가 있었지만 총리가 사과를 한 만큼 총리나 장관까지 책임질 일은 아니다"라고 말했다.
성균관대 교수인 김 기획관은 이 대통령의 대선 후보 시절부터 외교ㆍ안보 분야 핵심 측근으로 일해왔다. 특히 현 정부의 대북정책을 주도하고 미국과의 관계에서 이 대통령의 '메신저' 역할을 담당했다.
김 기획관의 후임은 임명하지 않고 천영우 외교안보수석이 외교ㆍ안보ㆍ국방ㆍ통일 분야와 관련된 모든 사안을 총괄하는 방안이 유력한 것으로 알려졌다.
청와대와 정부는 김 기획관 사퇴 문제와는 별도로 진상조사를 계속 진행해 문제가 발견된 관련자에 대해서는 엄중히 조치할 방침이다.