세법 시행령을 보면 퇴직연금 가입자들은 앞으로 연금수령액에 대해 5%의 세율로 원천 징수되고 매년 수령액에 대해 다른 연금소득과 합쳐 종합과세를 통해 납부액을 최종 확정, 정산한다. 다만 다른 연금과 합친 총 연금액이 600만원 이하이면 원천징수에 의한 분리과세만으로 납부를 끝낼 수 있어 현행 개인연금 저축과 같은 구조의 과세체계를 적용받는다. 특히 연금 형태로 수령하지 않고 일시금으로 지급받거나 불가피한 사유로 중도 인출할 경우에는 일반 퇴직금처럼 퇴직소득세가 부과된다. 중도인출은 퇴직연금 가운데 확정급여형(DB)은 허용되지 않고 확정기여형(DC)이나 개인퇴직계좌(IRA) 형태의 가입자에 대해 주택구입, 본인과 가족의 6개월이상 요양 등 일부 사유에 한해 허용된다. 문제는 직장을 옮길 때. 정부는 이 경우 퇴직금이나 퇴직연금을 수령하지 않고 IRA에 이전시키는 근로자에 대해 과세 이연 혜택을 주기로 했다. 직장을 옮기는 근로자에게 퇴직 소득세 부담을 당장에 주지 않겠다는 의도다. 새로 옮기는 직장에 DC형 퇴직연금이 채택돼 있다면 IRA를 거치지 않고 바로 해당 직장의 퇴직연금 수탁기관으로 자산을 옮겨도 이연 혜택을 받는다. 하지만 새 직장이 DB형이라면 옮길 수 없고 IRA형태로 퇴직연금을 불입하면 된다. 일시 수령한 경우라면 60일 이내 새 IRA 등에 자산을 이전하면 과세됐던 퇴직소득세를 환급받게 된다. 정부는 더불어 퇴직연금의 확산을 유도하기 위해 사내에 유보하는 퇴직급여 충당금에 대한 법인세 손비인정 한도를 현행 지불예정 퇴직금의 40%에서 2007년 35%로, 이후 30%로 낮출 예정이다. 퇴직연금도 손비를 인정받는다. 다만 DB형과 달리 회사의 분담금이 확정된 DC형 경우에는 사외적립과 마찬가지인 만큼 분담금을 전액 손비 인정해준다. 퇴직연금을 불입할 때는 연금저축과 합쳐 연간 300만원 한도 내에서 소득공제를 받는다. 다음은 A씨가 퇴직연금을 수령 받을 때의 과세소득과 세액계산 사례. A씨가 DC형 퇴직연금에 올해 가입, 10년간 매년 1,000만원씩 불입한 뒤 연금수급요건을 갖춰 2016년도에 연금으로 수령한다고 보자. 수령액은 1,500만원이 되고 퇴직연금에서 지급될 총지급액은 2억원이 된다. 우선 연금형태로 수령할 경우 과세대상 연금소득은 975만원(★계산 방식은 그래픽 참조)이다. 총 연금액이 600만원 초과해 종합과세 대상이다. 여기에 연금소득공제 545만원이 적용되고 기본공제 200만원(2인 가족 기준, 1인당 100만원), 표준공제 60만원을 적용받는다. 65세 이상일 경우 추가공제 200만원(경로 우대자 공제)을 받을 수 있다. 이에 따라 계산된 과세표준은 170만원으로 결정세액은 8%의 세율을 곱한 13만6,000원이 된다. 일시금으로 수령할 때는 다르다. 과세대상 일시금(퇴직소득액)은 1억3,000만원(일시금 수령액×[1-실제 소득공제 받은 금액을 초과해 불입한 금액의 누계액/총지급액]=2억원×[1-(1,000만원-300만원)×10년/2억원]이 된다. 여기에 6,250만원의 퇴직소득공제액을 빼면 과세표준은 6,750만원이 된다. 연분연승법, 즉 총소득을 발생기간으로 나눠 1년의 소득으로 세율을 적용하여 세금을 계산 한 후 그 세금에 다시 발생년수를 곱해 총세금을 계산하는 것으로 산출액을 계산하면 540만원(6,750만원/10년=675만원×세율 8%=54만원×10년)이 된다. 계산 방식을 생각할 경우 연간 수령액 1,700만원까지는 연금 방식이 일시금으로 수령하는 것보다 유리하다고 재경부는 설명했다.